1996年4月9日，呼和浩特卷烟厂工人呼格吉勒图和工友闫峰向警方报案，在烟厂附近的公厕内发现一具下身赤裸的女尸。48小时后，负责该案的呼和浩特公安局新城分局副局长冯志明和办案人员认定，呼格吉勒图在女厕对死者进行流氓猥亵时，用手掐住死者的脖子致其死亡。

1996年5月23日，呼和浩特市中级人民法院认定呼格吉勒图犯流氓罪、故意杀人罪，判处死刑。1996年6月5日，内蒙古高院二审“维持原判”，核准死刑。距离案发仅62天。
2005年初，内蒙古乌兰察布市接连发生数起奸杀惨案。

警方鉴定确认，案件系同一人所为。2005年10月23日，系列强奸、抢劫、杀人案的犯罪嫌疑人赵志红落网。

落网后，赵志红主动交代了其1996年犯下的第一起强奸杀人案，就在呼和浩特赛罕区邻近卷烟厂的公厕里，并准确指认了早就被拆除重新建设的案发地点。赵志红甚至说出了诸如“南北朝向，女厕在南”的厕所方位、内部结构、被害人身高、年龄、当时扼颈杀死被害人的方式、尸体摆放位置等其他作案细节，都有清晰、肯定的记忆。赵志红对案件表述的准确程度远远超过了1996年就已经被执行枪决的呼格吉勒图。

笔录显示，询问人对呼格吉勒图使用了“你胡说”等语言。显然，这份笔录并未引起检察机构的重视。而在随后的法院审理中，检察官指控吉勒图就是杀人凶手。
呼格母亲尚爱云接受记者采访时表示：我去找过高院很多次，9年来我几乎是一个星期去一次，希望他们能快一点处理我儿子的事情。真凶逮住了，应该给我一个明确的说法，但他们就说让我们等一等，说“快了”。这一“快”却是9年。
另据记者调查，4·9案久无进展的另一个原因若纠错就会有很多部门受到影响。“事实上，在内蒙古公检法系统内部，不少人已经认定呼格吉勒图确实被冤，但因为如果案件再审乃至平反，这就涉及人员问责和国家赔偿的问题，尤其是人员问责，这才是案件何以久拖不决的关键。新华社记者汤计：先后撰写5篇内参推动再审。

2014年11月20日，内蒙古自治区高级人民法院立案庭庭长暴巴图代表高院向呼格吉勒图父母送达立案再审通知书，呼格吉勒图案进入再审程序。
2014年12月15日上午，内蒙古自治区高院对呼格吉勒图故意杀人、流氓罪一案作出再审判决，撤销内蒙古高院1996年作出的关于呼格吉勒图案的二审刑事裁定和呼和浩特市中级人民法院1996年对呼格吉勒图案作出的一审刑事判决，宣告原审被告人呼格吉勒图无罪，并向其父母送达了再审判决书。
再审判决主要内容：一、撤销内蒙古高级人民法院（1996）内刑终字第199号刑事裁定和呼和浩特市中级人民法院（1996）呼刑初字第37号刑事判决；二、原审被告人呼格吉勒图无罪。
2014年12月15日，内蒙古自治区人民检察院决定成立调查组，对检察系统造成呼格吉勒图错案负有责任的人员展开调查。 2015年4月10日被呼和浩特市市委免去其市公安局党委委员、正处级侦察员职务，并于次日在公安机关传达。
呼格吉勒图案经内蒙古自治区高级人民法院改判无罪后，有关机关和部门迅速启动追责程序，依法依规对呼格吉勒图错案负有责任的27人进行了追责。

呼格吉勒图父母收到国家赔偿决定书

李三仁、尚爱云支付呼格吉勒图生前被羁押60日的限制人身自由赔偿金12041.40元； 三、向赔偿请求人李三仁、尚爱云支付精神损害抚慰金100万元。 以上各项合计2059621.40元。
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